Das Generalsekretariat ist die Schaltstelle zwischen dem Departementschef und den Bundesämtern, zwischen Kantonen, Medienschaffenden und Kommunikationsverantwortlichen. Es plant und koordiniert die EFD-Geschäfte für Parlament und Bundesrat. Es informiert die Öffentlichkeit über alle Bundesrats- und Departementsgeschäfte.
Generalsekretärin: Barbara Hübscher Schmuki