La douane et le Corps des gardes-frontière assument diverses tâches pour le compte de la Confédération. Ils veillent, notamment, au respect des prescriptions légales suisses et internationales dans le domaine de la sécurité alimentaire, de la conservation des espèces, des stupéfiants et des médicaments. En outre, la douane prélève divers impôts. En sa qualité d'organe de sécurité civil le plus important du pays, le Corps des gardes-frontière peut être appelé à participer à des opérations de l'Agence européenne pour les frontières extérieures (Frontex).

Les dossiers importants actuellement menés par la Confédération sur les questions douanières sont présentés ci-dessous: