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Selon la loi en vigueur, les cantons n’ont pas l’obligation de faire examiner la perception, le prélèvement et le versement de l’IFD à la Confédération par des offices indépendants et d’en référer aux organes de surveillance de la Confédération. Cela crée une lacune en matière de contrôle pour la part des recettes que les cantons transmettent à la Confédération, car l’Administration fédérale des contributions (AFC) effectue un simple contrôle administratif et non une surveillance financière des cantons. L’AFC surveille particulièrement la taxation uniforme de l’IFD. Pour cela, elle procède à des contrôles matériels de taxations et définit la pratique de taxation avec les cantons. Les cantons conservent 17 % des montants de l’IFD et en transmettent 83 % à la Confédération. Selon le compte d’État de la Confédération pour l’année 2010, la part versée à la Confédération s’est montée à près de 15 milliards de francs.
Un organe cantonal de surveillance devra, selon la proposition du Conseil fédéral, examiner chaque année la régularité et la légalité de la perception de l’IFD, de la tenue du registre jusqu’au versement de l’IFD en passant par le prélèvement. Un rapport sera remis à l’AFC ainsi qu’au contrôle fédéral des finances (CDF). Si le contrôle n'a pas lieu ou si l’AFC et le CDF ne reçoivent pas de rapport, le Département fédéral des finances (DFF) peut mandater une entreprise de révision pour mener à bien le contrôle. Selon cette proposition, l’organisation du contrôle régulier reste, à quelques détails près, du ressort des cantons.
Avec l’approbation du message concernant la révision de la LIFD, le Conseil fédéral satisfait la motion transmise le 14 juin 2007 (07.3282) sur la haute surveillance de l’impôt fédéral direct. Le Conseil fédéral a renoncé à une nouvelle consultation sur ce projet, car la consultation sur la révision de la loi sur le contrôle des finances permet déjà d’avoir des avis à ce sujet.