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La FINMA sera un établissement de droit public, indépendante sur les plans institutionnel, opérationnel et financier. Elle sera aussi dotée de structures de gestion modernes comprenant un conseil d'administration, une direction et un organe de révision. L'indépendance de la FINMA a pour corollaires l'obligation de rendre compte et l'instauration d'une haute surveillance politique par la Confédération. Le personnel de la FINMA sera engagé sur la base d'un contrat de droit privé. Cette approche correspond à la réglementation choisie pour l'autorité fédérale de surveillance en matière de révision qu'il est prévu de créer.
Le projet de loi fédérale sur l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers (LFINMA) règle non seulement les questions d'organisation mais énonce aussi des principes de réglementation des marchés financiers, fixe les règles en matière de responsabilité et harmonise les instruments de surveillance et les sanctions. Dans une certaine mesure, la LFINMA revêt ainsi la fonction d'une loi faîtière des autres lois régissant la surveillance des marchés financiers.
Le mandat légal de l'autorité de surveillance reste cependant inchangé et les particularités propres à chaque domaine soumis à la surveillance sont prises en compte. Ainsi les banques devront toujours se conformer aux exigences de la loi sur les banques, les entreprises d'assurance à celles de la loi sur la surveillance des assurances et les fonds de placement à celles de la loi sur les fonds de placement. Le système d'autorégulation prévu par la loi sur le blanchiment d'argent et par la loi sur les bourses est également maintenu.
La réorganisation de la surveillance des marchés financiers permettra également d'améliorer l'éventail de sanctions qui, par le passé, s'est avéré trop peu différencié et d'une efficacité insuffisante. Le présent projet prévoit un nouveau système de sanctions simplifié et harmonisé qui se composerait, d'une part, de dispositions pénales révisées et, d'autre part, de nouvelles sanctions administratives (telles que la confiscation ou l'interdiction d'exercer).
Le Conseil fédéral propose pour la première fois une limitation de la responsabilité dans le domaine de la surveillance des marchés financiers, suivant ainsi une tendance internationale. La FINMA ne répondra de ses actes qu'en cas de violation de ses devoirs essentiels de fonction et seulement si les dommages causés ne sont pas imputables à une faute de l'assujetti.
Par ailleurs, l'organisation actuelle des autorités en matière d'offres publiques d'acquisition (OPA) est également modifiée. Ces ajustements s'imposent en raison de la révision de l'organisation judiciaire fédérale qui se traduit par une procédure de recours à quatre niveaux en matière d'OPA. Des voies de droit aussi longues auraient eu pour effet concret de bloquer ou de faire échouer les transactions de reprise. La réforme des compétences des différentes autorités impliquées permet d'éviter ces inconvénients.