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Bisher mangelte es bei der steuerlichen Behandlung von Unternehmensnachfolgen an Rechtssicherheit und etliche Unternehmen warteten auf eine Neuregelung. Dank den neuen Bestimmungen wird die Abgrenzung zwischen steuerfreiem Kapitalgewinn und steuerbarem Vermögensertrag im Bereich der indirekten Teilliquidation und der Transponierung geklärt. Dadurch können blockierte Nachfolgeregelungen in Kenntnis der steuerlichen Folgen an die Hand genommen werden.
National- und Ständerat hatten die als vordringlich erachteten Regelungen der indirekten Teilliquidation und der Transponierung aus dem Unternehmenssteuerreformgesetz II herausgelöst und im Juni 2006 als separate Vorlage verabschiedet. Die Referendumsfrist für die Änderungen lief am 12. Oktober 2006 unbenutzt ab.
Bei der indirekten Teilliquidation tritt eine nicht dem Verkäufer gehörende Kapitalgesellschaft als Käuferin auf. Wegen des Systemwechsels vom Privat- zum Geschäftsvermögen (bzw. vom Nennwertprinzip zum Buchwertprinzip) übernimmt die Käuferin die latente Steuerlast auf den noch nicht ausgeschütteten Gewinnen nicht. Die Steuerpraxis geht deshalb in gewissen Fällen von einer steuerbaren Ausschüttung aus. Nach bisheriger Rechtsprechung war dies insbesondere dann der Fall, wenn die Käuferin den Kaufpreis den Reserven des gekauften Unternehmens entnahm. Das Bundesgericht hat in seinem Entscheid 2A.331/2003 vom 11. Juni 2004 diese Rechtsprechung weiterentwickelt und festgehalten, dass eine indirekte Teilliquidation auch dann anzunehmen sei, wenn der Kaufpreis aus künftigen Gewinnen des verkauften Unternehmens getilgt wird.
Das Bundesgesetz über dringende Anpassungen bei der Unternehmensbesteuerung sieht bei indirekten Teilliquidationen nun vor, dass der Erlös aus dem Verkauf einer Beteiligung von mindestens 20 Prozent am Kapital eines Unternehmens in dem Umfang als Ertrag aus beweglichem Vermögen besteuert wird, als innert fünf Jahren nach dem Verkauf unter Mitwirkung des Verkäufers nicht betriebsnotwendige Substanz ausgeschüttet wird. Diese Substanz muss zum Zeitpunkt des Verkaufs bereits vorhanden und handelsrechtlich ausschüttungsfähig sein. Die steuerliche Behandlung von Unternehmensnachfolgen wird damit praxisnah und gezielt auf die Bekämpfung von Missbräuchen ausgerichtet.
Bei der Transponierung verkauft ein Aktionär seine Beteiligung aus dem Privatvermögen an eine ihm selber gehörende Gesellschaft in deren Geschäftsvermögen. Die Differenz zwischen Verkaufserlös und Nennwert wurde bisher als steuerbare Dividende behandelt, weil der Verkäufer sich wirtschaftlich von seiner Beteiligung gar nicht trennt.
Künftig wird nur noch der Erlös aus der Übertragung einer Beteiligung von mindestens 5 Prozent am Kapital eines Unternehmens als Transponierung besteuert . Eine Besteuerung erfolgt, sofern der Verkäufer nach der Übertragung am empfangenden Unternehmen zu mindestens 50 Prozent beteiligt ist und der Verkaufspreis den Nennwert der übertragenen Beteiligung übersteigt.
Die Unternehmenssteuerreform II soll die im Jahr 1997 eingeleitete Reform des Unternehmenssteuerrechts vervollkommnen. Internationale Vergleiche zeigen, dass die Steuerbelastung auf der Stufe Unternehmen beim Bund und bei den Kantonen günstig ausfällt. Hingegen sind die steuerlichen Vorteile weniger ausgeprägt, wenn auch die Belastung des Anteilsinhabers selbst mit einbezogen wird. Vor diesem Hintergrund zielt die Unternehmenssteuerreform II einerseits auf eine steuerliche Entlastung des Risikokapitals. Diese soll primär den Investoren zu Gute kommen, welche sich unternehmerisch beteiligen. Anderseits sieht die Reform gezielte Massnahmen für die KMU vor. Als drittes Element sollen mit der Reform Ärgernisse wie die indirekte Teilliquidation beseitigt werden.
Der Hauptteil der Unternehmenssteuerreform ist derzeit noch im Differenzbereinigungsverfahren bei den eidgenössischen Räten. Unterschiedliche Auffassungen zwischen National- und Ständerat bestehen insbesondere bei der Teilbesteuerung der Dividenden im Privatvermögen, beim Quasi-Wertschriftenhandel, beim Schuldzinsabzug sowie bei der Besteuerung von Liquidationsgewinnen bei definitiver Aufgabe der selbständigen Erwerbstätigkeit. Die ständerätliche Kommission für Wirtschaft und Abgaben hielt an ihrer Sitzung vom 9. November an mehreren Differenzen fest.